Les premières régions atteintes sont sous-corticales :
globus pallidus, subthalamic nucleus, zona incerta, subtantia nigra, nucleus basalis of Meynert, tegmentum, raphe, nuclei oof the cranial nerves, dendate nucleus of the cerebellum.
On observe également une extension de la tauopathie dans le dendate gyrus, le cortex entorhinal, le cortex perirhinal et le cortex temporal inférieur.
Le cortex moteur primaire est préférentiellement affecté, contairement à la maladie d"Alzheimer.
Le néocortex est touché également, mais plus discrètement. Ce sont surtout les couches II et III qui contiennent les neurones en dégénrescence neurofibrillaire, alors que pour la maladie d'Alzheimer, c'est essentiellement la couche V.